Hispaniolankoira on kotoisin Hispaniolan saarelta (joissain kielissä tunnetaan myös nimellä Santo Domingon saari). Sen esi-isiä olivat espanjalaisten löytöretkeilijöiden mukana tulleet koirat, joista osa villiintyi 1500-luvulla ja sopeutui vähitellen paikallisiin oloihin. Koska ne hyökkäilivät karjan kimppuun, maanviljelijät tappoivat niitä ja 1900-luvulla rotu alkoi harvinaistua huomattavasti. Osa heistä kuitenkin otti pentuja myös tilojensa vahtikoiriksi. Muutama kotimaansa syrjäisillä alueilla sinnitellyt yksilö tai maanviljelijöiden vahtikoirien jälkeläinen saattaa yhä olla elossa, mutta on myös mahdollista että rotu on kuollut sukupuuttoon.