Rotu on kotoisin Pohjois-Gyeongsangin maakunnassa sijaitsevasta Gyeongjun rannikkokaupungista, joka tunnettiin 900-luvulla nimellä Dong-gyeong. Geneettisten tutkimusten perusteella se on yksi maan puhtaina säilyneistä alkuperäisroduista. Hännätön koira on mainittu jo 300-400 lukujen aikaisissa kirjoituksissa, ja sitä esittävä savinukke on löydetty 400-500-luvulta Sillan kuningaskunnasta peräisin olevasta hautakammiosta.[1] Hännätöntä koiraa kuitenkin hyljeksittiin paikallisten keskuudessa, mikä oli vähällä johtaa sukupuuttoon.[2] Gyeongjunkoira jalostettiin alunperin metsästyskoiraksi, mutta nykyisin sitä pidetään yksinomaan lemmikkinä ja vahtikoirana.[1] Marraskuussa 2012 se nimettiin kotimaansa kansallisaarteeksi numero 540.