Nimensä mukaisesti manilankoira oli kotoisin Manilasta, jossa sitä pidettiin sylikoirana. Paikallisten kasvattajien mielestä se oli saarten alkuperäisrotu, mutta todennäköisempää on että se polveutui muiden bichoneiden tapaan koirista, joita eurooppalaiset kauppalaivat veivät eri puolille maailmaa. Näitä sylikoiria vaihdettiin määräkohteissa arvotavaroihin, minkä vuoksi niitä levisi huomattava määrä mm. Kuubaan, Madagascarille, Teneriffalle ja Filippiineille.[1] Filippiiniläiset koirat lienevätkin olleet läheistä sukua mm. bichon frisén, coton de tuléarin ja havannankoiran kanssa[1], ja polveutunevat vastaavista eurooppalaisista roduista, kuten maltankoirasta tai bolognesesta.
1800-luvun lopussa rouva Pidgely, englantilainen koirankasvattaja, kiinnostui rodusta ja toi sen Britanniaan. Siitä tuli erittäin suosittu Euroopassa aina 1900-luvun alkuun asti, jolloin se katosi manterelta kokonaan. Vaikka sitä pidetään nykyisin sukupuuttoon kuolleena, Filippiinien tilanteesta ei ole varmaa tietoa ja voi olla että jossain osassa saarta olisi säilynyt harvalukuinen paikallinen populaatio.[1]